A Gerência Operacional de Museus está subordinada a Diretoria de Gestão de Equipamentos Culturais. Esta Gerência foi criada na última reforma administrativa com o objetivo de operacionalizar as ações dos museus pertencentes à Fundação de Cultura, não somente nas questões de manutenção física dos equipamentos como também na realização de eventos, elaboração de projetos, participação em editais e articulação de parcerias externas e internas.

Dos quatro museus sob a Gerência de Museus, três estão em pleno funcionamento: o Murillo La Greca, em Casa Forte, o Museu de Arte Popular e o Memorial Luiz Gonzaga, no Pátio de São Pedro. O Memorial Chico Science, também no Pátio, tem  inauguração prevista para abril deste ano.